Inaugurado en 1967, fue uno de los primeros zoos de España en crearse y tal fue su importancia en los años 70 que en él tuvo lugar la creación de la Asociación Ibérica de Zoos y Acuarios.

Desde junio del 2002 está remodelando sus instalaciones para adaptarse a la nueva ley de zoológicos aprobada en octubre del 2003.

En el caso del zoo cordobés se está trabajando en una estrategia global para dotar el espacio de instrumentos necesarios para el desempeño de las siguientes funciones: la investigación científica, la conservación de especies, la educación y el ocio.

El Zoológico Municipal junto con el Jardín Botánico y los Sotos de la Albolafia compondrán el gran área de la naturaleza urbana para el siglo XX.